有机污染物是指碳水化合物、蛋白质、氨基酸、脂肪等天然有机物以及其他可生物降解的合成有机物。可分为天然有机污染物和合成有机污染物。

与生物体的进化史相比，某些有机污染物释放到环境中的时间非常短，微生物与其相互作用的时间甚至更短。然而，农药、环境污染等外来生物物质的广泛使用增加了微生物生存环境的不利因素。从科学角度讲，它增加了微生物进化的选择性压力。这对促进微生物种类的变化和进化起到了作用，因为只有那些有利于微生物生存的突变微生物（如耐药性、转化能力、降解活性）才能在自然界中继续存在。正是它们对外源物质的转化和降解，才是我们感兴趣和可能利用的微生物的新特性。

许多微生物可以通过化学方式将生物外源物质转化为毒性较低或容易被其他微生物降解和利用的化合物。例如，滴滴涕用于杀虫剂，TNT用于炸药。

除了生物外源物质的转化外，一些微生物也能将其分解，因为较大的化合物是逐步变小的，所以称为降解。一些生物外源物质可以被彻底降解，即分解成水和二氧化碳等无毒无害的小分子化合物或元素。

在大多数情况下，这种降解过程需要完全完成多种微生物的协同作用。当某些微生物降解生物外源物质时，需要为其生长繁殖提供额外的营养物质，因为这些生物外源物质的降解产物不能成为生长繁殖所需的碳源和能量。这种微生物。在微生物生态学中，我们称之为共代谢。这种退化通常是不完全的，但也是常见的。污水处理